Azərbaycanca
Deutsch
日本語
Lietuvos
සිංහල
Türkçe
Українська
United State
Structural Classification of Proteins (SCOP, Türkçe Proteinlerin Yapısal Sınıflandırması) veritabanı, protein yapısal bölgelerinin amino asit dizleri ve üç boyutlu yapılarına dayanarak protein yapısal bölgelerinin (domain) elle yapılmış bir sınıflandırmasıdır. İlk kez 1995'te yayımlanmış olan bu veritabanı en az yılda bir yenilenmektedir.
Hiyerarşik yapısı
SCOP sınıflandırma için dört hiyerarşik sınıflandırma seviyesi kullanır:
- Sınıf - bölgenin genel yapısal mimarisi.
- Katlama - düzgün ikincil yapıların benzerliği, ama evrimsel akrabalık belirtisi yok.
- Süperaile - Yapısal ve işlevsel benzerliklerden ıraklaşmış (ing. divergent) evrimsel ilişki çıkarımı yapılabiliyor ama görünür bir dizi homolojisi yok
- Aile - dizi benzerliği algılanabiliyor.
Yapısal sınıflar
Aşağıdaki yapısal sınıflar SCOP'a dahildir:
- bölgeler
- bölgeler
- Başlıca paralel &beta yapraklar meydana getiren "beta-alpha-beta" yapısal birimlerden oluşmuş proteinler
- birbirinden bağımsız α-sarmal ve antiparalel β-yapraklardan oluşmuş
- çoklu bölgeli proteinler
- membran ve hücre yüzeyi proteinleri ve peptitleri (immün sistemle ilişkili olanlar hariç)
- "küçük" proteinler
- (coiled-coil) proteinler
- düşük çözünürlüklü protein yapıları
- peptidler and parçaları
- suni dizili tasarlanmış proteinler
Kaynakça
- ^ Murzin AG, Brenner SE, Hubbard T, Chothia C (1995). "SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures". J. Mol. Biol. 247 (4). ss. 536-40. doi:10.1006/jmbi.1995.0159. (PMID) 7723011.
- ^ Lo Conte L, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (2002). "SCOP database in 2002: refinements accommodate structural genomics". Nucleic Acids Res. 30 (1). ss. 264-7. doi:10.1093/nar/30.1.264. (PMID) 11752311.
- ^ Andreeva A, Howorth D, Brenner SE, Hubbard TJ, Chothia C, Murzin AG (2004). "SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data". Nucleic Acids Res. 32 (Database issue). ss. D226-9. doi:10.1093/nar/gkh039. (PMID) 14681400.
Dış bağlantılar
- (İngilizce)
- (İngilizce)
- SUPERFAMILY17 Ekim 2008 tarihinde Wayback Machine sitesinde . Genomları tamamen okunmuş canlılarıdaki SCOP süperailelerinin HMM biçimli listeleri (İngilizce)
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Structural Classification of Proteins SCOP Turkce Proteinlerin Yapisal Siniflandirmasi veritabani protein yapisal bolgelerinin amino asit dizleri ve uc boyutlu yapilarina dayanarak protein yapisal bolgelerinin domain elle yapilmis bir siniflandirmasidir Ilk kez 1995 te yayimlanmis olan bu veritabani en az yilda bir yenilenmektedir Hiyerarsik yapisiSCOP siniflandirma icin dort hiyerarsik siniflandirma seviyesi kullanir Sinif bolgenin genel yapisal mimarisi Katlama duzgun ikincil yapilarin benzerligi ama evrimsel akrabalik belirtisi yok Superaile Yapisal ve islevsel benzerliklerden iraklasmis ing divergent evrimsel iliski cikarimi yapilabiliyor ama gorunur bir dizi homolojisi yok Aile dizi benzerligi algilanabiliyor Yapisal siniflarAsagidaki yapisal siniflar SCOP a dahildir bolgeler bolgeler Baslica paralel amp beta yapraklar meydana getiren beta alpha beta yapisal birimlerden olusmus proteinler birbirinden bagimsiz a sarmal ve antiparalel b yapraklardan olusmus coklu bolgeli proteinler membran ve hucre yuzeyi proteinleri ve peptitleri immun sistemle iliskili olanlar haric kucuk proteinler coiled coil proteinler dusuk cozunurluklu protein yapilari peptidler and parcalari suni dizili tasarlanmis proteinlerKaynakca Murzin AG Brenner SE Hubbard T Chothia C 1995 SCOP a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures J Mol Biol 247 4 ss 536 40 doi 10 1006 jmbi 1995 0159 PMID 7723011 KB1 bakim Birden fazla ad yazar listesi link Lo Conte L Brenner SE Hubbard TJ Chothia C Murzin AG 2002 SCOP database in 2002 refinements accommodate structural genomics Nucleic Acids Res 30 1 ss 264 7 doi 10 1093 nar 30 1 264 PMID 11752311 KB1 bakim Birden fazla ad yazar listesi link Andreeva A Howorth D Brenner SE Hubbard TJ Chothia C Murzin AG 2004 SCOP database in 2004 refinements integrate structure and sequence family data Nucleic Acids Res 32 Database issue ss D226 9 doi 10 1093 nar gkh039 PMID 14681400 KB1 bakim Birden fazla ad yazar listesi link Dis baglantilar Ingilizce Ingilizce SUPERFAMILY17 Ekim 2008 tarihinde Wayback Machine sitesinde Genomlari tamamen okunmus canlilaridaki SCOP superailelerinin HMM bicimli listeleri Ingilizce