Azərbaycanca
Deutsch
日本語
Lietuvos
සිංහල
Türkçe
Українська
United State
Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) (Türkçe: Moleküler Evrim Genetik Analizi) moleküler evrimin istatisitksel analizini yönetmek ve filogenetik ağaçlar oluşturmak için tasarlanmış bilgisayar programı. Filogeneomik ve filotıp için çok miktarda karmaşık method içerir. Sahipli ücretisiz yazılım olarak lisanslanmıştır. Proje Masatoshi Nei tarafında Pensilvanya Devlet Üniversitesinde başlatılmış olup, öğrencileri Sudhir Kumar ve Koichiro Tamura tarafından desteklenmiştir.
| Orijinal yazar(lar) | Masatoshi Nei, Sudhir Kumar, Koichiro Tamura, Glen Stecher, Daniel Peterson, Nicholas Peterson |
|---|---|
| Geliştirici(ler) | |
| İlk yayınlanma | 1993 |
| Güncel sürüm | 10 / |
| Geliştirme durumu | Active |
| İşletim sistemi | Windows, OS X, Linux |
| Platform | x86, x86-64 |
| Erişilebilirlik | İngilizce |
| Tür | |
| Resmî sitesi | megasoftware.net |
Belli bir zaman sonra MEGA' nın yöneticiliği Kumar (şimdi Temple Üniversitesinde) ve Tamura'ya devir oldu (şimdi Tokyo Metropolitan Üniversitesinde).
Milyonlarca indirilmesinin yanında MEGA 85,00 makalede referans gösterilmiştir. 5. versiyon, yani MEGA5, 4 yılda 25,000 kere referans gösterilmiştir.
Sürüm geçmişi
| Versiyon | Yayyınlanma tarihi |
|---|---|
| 1.0 | 1993 |
| 1.1 | 1994 |
| 2.0 | 2000 |
| 2.1 | 2001 |
| 3.0 | 2004 |
| 4.0 | 2006 |
| 4.1 | 2008 |
| 5.0 | 2011 |
| 5.1 | Ekim 2012 |
| 5.2 | Nisan 2013 |
| 6.0 | Aralık 2013 |
| 7.0 | Ocak 2016 |
| 10.0 (X) | 2018 |
Özellikleri
Sekans hizalama yapılandırması
- Hizalama editörü
- Çoklu dizi hizalaması
- Dizileyici dosya editör ve görüntüleyicisi
- Entegre web tarayıcısı ve dizi alıcıları
Veri eldesi
- Belirsiz durumları eldesi: R, Y, T, vs.
- Bütün veri özelliklerini kaydetmek için genişletilmiş MEGA formatı
- Clustal, Nexus, vs. formatlarından veri çıkartılması
- Veri keşifçisi
- Alan gruplarının görsel speksifikleştirmesi
Genetik kod tablo bölümü
- Kullanıcının belirlediği tabloları düzenleme-ekleme yap
- Bir kod tablosunun istatistiksel niteliklerini hesapla
- Bildiğim bütün kod tablolarını içer
Gerçek zamanlı başlık uzman motoru
- Uzaklık matrisleri, filogenler, testler ve hizalamalar için başlıklar oluştur.
- Başlıkları dış bir programa kopyala
Entegre metin dosyası editörü
- Kolonal blok seçebilme ve düzenleme
- Satır numarası
- Dizlieri formatlama, tamalayıcı olanı ters çevirme vs yetenekleri
Dizi veri görüntüleyici
- Veri çıkartma
- Vurgulama
- İstatiksel büyüklüklerin sunma
Nükleotidyerdeğiştirme örneklerinin MCL-tabanlı belirlenmesi
- 4x4 oran matriksi
- Geçiş-transversiyon hız oranları: k1, k2
- TGeçiş-transversiyon hız sapması: R
Yerdeğiştirme örneklerinin homojenite testi
- İçerik uzaklığı
- Eşitsizlik indeksi
- Monte-carlo testi
Uzaklığı belirleme metodları
- Nükleotid-Nükleotid
- Sinonim-Sinonim olmayan: kodon-kodon
- Protein uzaklığı
- Uzaklık hesaplamaları
- Dizi çeşitliliği hesaplamaları
- Varyans hesaplamaları
Seçilim testleri
- Çok numune Z-testi
- Fisher’ın kesin testi
- Tajima’ın nötrallik testi
Moleküler saat testi
- Tajima’nın yaklaşık oran testi
Ağaç oluşturma metodları
- Komşu birleştirme
- Minimum evrim metodu
- UPGMA
- Maksimum bencillik
- Maksimum benzerlik
- Çizme atkısı filogeni testi
- Güven olasılığı testi
- Uzaklık matriksi görüntüleyicisi
Ağaç keşifçileri
- Filogeni ekranı
- Ayrılma zamanının belirlenmesi
- Ağaç düzenleme
- Ağaç boyutunu değiştirme
- Çoklu ağaç görüntüleyebilme
Dış bağlantılar
- Resmî site
- MEGA sitesi (Japon kullanıcılar için)
22 Haziran 2018 tarihinde Wayback Machine sitesinde . - MEGA: A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences. (2008) Kumar S, Dudley J, Nei M & Tamura K. Briefings in Bioinformatics Vol.9, pages 299-306
Kaynakça
- ^ a b Kumar, S., K. Tamura, and M. Nei (1993) MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Ver. 1.0, The Pennsylvania State University, University Park, PA.
- ^ a b Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. (2013) MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol. Biol. Evol. 30:2725-2729.
- ^ "MEGA Update History". MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. 22 Haziran 2018 tarihinde kaynağından . Erişim tarihi: 20 Haziran 2013.
- ^ Kumar, S., K. Tamura, and M. Nei (1994) MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers. CABIOS 10:189-191.
- ^ a b Kaynak hatası: Geçersiz
<ref>etiketi;MEGA2000isimli refler için metin sağlanmadı (Bkz: ) - ^ Kumar, S., Tamura, K., and Nei, M. (2004) MEGA3: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Brief. Bioinformatics 5:150-163.
- ^ a b Tamura, K., Dudley, J., Nei, M., Kumar, S. (2007) MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis. Mol. Biol. Evol. 24(8):1596-1599.
- ^ a b c Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., Kumar, S. (2011) MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Mol. Biol. Evol. 28:2731-2739.
- ^ Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K. (2016). MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol. Biol. Evol. 33(7):1870–1874.
wikipedia, wiki, viki, vikipedia, oku, kitap, kütüphane, kütübhane, ara, ara bul, bul, herşey, ne arasanız burada,hikayeler, makale, kitaplar, öğren, wiki, bilgi, tarih, yukle, izle, telefon için, turk, türk, türkçe, turkce, nasıl yapılır, ne demek, nasıl, yapmak, yapılır, indir, ücretsiz, ücretsiz indir, bedava, bedava indir, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, resim, müzik, şarkı, film, film, oyun, oyunlar, mobil, cep telefonu, telefon, android, ios, apple, samsung, iphone, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, pc, web, computer, bilgisayar
Molecular Evolutionary Genetics Analysis MEGA Turkce Molekuler Evrim Genetik Analizi molekuler evrimin istatisitksel analizini yonetmek ve filogenetik agaclar olusturmak icin tasarlanmis bilgisayar programi Filogeneomik ve filotip icin cok miktarda karmasik method icerir Sahipli ucretisiz yazilim olarak lisanslanmistir Proje Masatoshi Nei tarafinda Pensilvanya Devlet Universitesinde baslatilmis olup ogrencileri Sudhir Kumar ve Koichiro Tamura tarafindan desteklenmistir Molecular Evolutionary Genetics AnalysisOrijinal yazar lar Masatoshi Nei Sudhir Kumar Koichiro Tamura Glen Stecher Daniel Peterson Nicholas PetersonGelistirici ler Ilk yayinlanma1993 1993 Guncel surum10 2017 08 Gelistirme durumuActiveIsletim sistemiWindows OS X LinuxPlatformx86 x86 64ErisilebilirlikIngilizceTurResmi sitesimegasoftware net Belli bir zaman sonra MEGA nin yoneticiligi Kumar simdi Temple Universitesinde ve Tamura ya devir oldu simdi Tokyo Metropolitan Universitesinde Milyonlarca indirilmesinin yaninda MEGA 85 00 makalede referans gosterilmistir 5 versiyon yani MEGA5 4 yilda 25 000 kere referans gosterilmistir Surum gecmisiBaslica MEGA versions Versiyon Yayyinlanma tarihi1 0 19931 1 19942 0 20002 1 20013 0 20044 0 20064 1 20085 0 20115 1 Ekim 20125 2 Nisan 20136 0 Aralik 20137 0 Ocak 201610 0 X 2018OzellikleriSekans hizalama yapilandirmasi Hizalama editoru Coklu dizi hizalamasi Dizileyici dosya editor ve goruntuleyicisi Entegre web tarayicisi ve dizi alicilariVeri eldesi Belirsiz durumlari eldesi R Y T vs Butun veri ozelliklerini kaydetmek icin genisletilmis MEGA formati Clustal Nexus vs formatlarindan veri cikartilmasi Veri kesifcisi Alan gruplarinin gorsel speksifiklestirmesiGenetik kod tablo bolumu Kullanicinin belirledigi tablolari duzenleme ekleme yap Bir kod tablosunun istatistiksel niteliklerini hesapla Bildigim butun kod tablolarini icerGercek zamanli baslik uzman motoru Uzaklik matrisleri filogenler testler ve hizalamalar icin basliklar olustur Basliklari dis bir programa kopyalaEntegre metin dosyasi editoru Kolonal blok secebilme ve duzenleme Satir numarasi Dizlieri formatlama tamalayici olani ters cevirme vs yetenekleriDizi veri goruntuleyici Veri cikartma Vurgulama Istatiksel buyukluklerin sunmaNukleotidyerdegistirme orneklerinin MCL tabanli belirlenmesi 4x4 oran matriksi Gecis transversiyon hiz oranlari k1 k2 TGecis transversiyon hiz sapmasi RYerdegistirme orneklerinin homojenite testi Icerik uzakligi Esitsizlik indeksi Monte carlo testiUzakligi belirleme metodlari Nukleotid Nukleotid Sinonim Sinonim olmayan kodon kodon Protein uzakligi Uzaklik hesaplamalari Dizi cesitliligi hesaplamalari Varyans hesaplamalariSecilim testleri Cok numune Z testi Fisher in kesin testi Tajima in notrallik testiMolekuler saat testi Tajima nin yaklasik oran testiAgac olusturma metodlari Komsu birlestirme Minimum evrim metodu UPGMA Maksimum bencillik Maksimum benzerlik Cizme atkisi filogeni testi Guven olasiligi testi Uzaklik matriksi goruntuleyicisiAgac kesifcileri Filogeni ekrani Ayrilma zamaninin belirlenmesi Agac duzenleme Agac boyutunu degistirme Coklu agac goruntuleyebilmeDis baglantilarResmi site MEGA sitesi Japon kullanicilar icin 22 Haziran 2018 tarihinde Wayback Machine sitesinde MEGA A biologist centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences 2008 Kumar S Dudley J Nei M amp Tamura K Briefings in Bioinformatics Vol 9 pages 299 306Kaynakca a b Kumar S K Tamura and M Nei 1993 MEGA Molecular Evolutionary Genetics Analysis Ver 1 0 The Pennsylvania State University University Park PA a b Tamura K Stecher G Peterson D Filipski A Kumar S 2013 MEGA6 Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6 0 Mol Biol Evol 30 2725 2729 MEGA Update History MEGA Molecular Evolutionary Genetics Analysis 22 Haziran 2018 tarihinde kaynagindan Erisim tarihi 20 Haziran 2013 Kumar S K Tamura and M Nei 1994 MEGA Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers CABIOS 10 189 191 a b Kaynak hatasi Gecersiz lt ref gt etiketi MEGA2000 isimli refler icin metin saglanmadi Bkz Kaynak gosterme Kumar S Tamura K and Nei M 2004 MEGA3 Molecular Evolutionary Genetics Analysis Brief Bioinformatics 5 150 163 a b Tamura K Dudley J Nei M Kumar S 2007 MEGA4 Molecular Evolutionary Genetics Analysis Mol Biol Evol 24 8 1596 1599 a b c Tamura K Peterson D Peterson N Stecher G Nei M Kumar S 2011 MEGA5 Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood Evolutionary Distance and Maximum Parsimony Methods Mol Biol Evol 28 2731 2739 Kumar S Stecher G amp Tamura K 2016 MEGA7 Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7 0 for bigger datasets Mol Biol Evol 33 7 1870 1874